Quando as portas do elevador se abrem, Thomas se surpreende ao se encontrar rodeado de garotos em uma enorme clareira, ou melhor, no centro de um enorme labirinto.

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Ninguém sabe como ou o porquê de estarem ali, mas todas as noites as portas do labirinto se fecham e ao amanhecer se abrem.

Por coincidência ou não, coisas estranhas começam a acontecer com a chegada de Thomas:

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— Pela primeira vez uma menina chega ao labirinto com uma mensagem que surpreende todos. Thomas é mais importante do que pensa.

— Para salvar a si mesmo e todos, Thomas precisa descobrir os sombrios segredos guardados em sua mente. E correr, correr muito ou então ficar e morrer.